Dokumentacja w organizacji na prawdę bardzo często powstaje w różnorakich miejscach i na różnorakich etapach realizacji zadań. Część plików trafia do poczty elektronicznej, inne są zapisywane na dyskach lokalnych, a dokumenty papierowe pozostają w segregatorach albo teczkach przypisanych do konkretnych spraw. Z czasem taki podział utrudnia postanowienie, która wersja jest aktualna i gdzie znajduje się pełna dokumentacja.
Program do zarządzania dokumentami może służyć do uporządkowania tych zasobów oraz określenia zasad ich obiegu. Ważnym elementem jest sposób przypisywania plików do spraw, kontrahentów, projektów lub okresów rozliczeniowych. Warto prócz tego unikać budowy zbyt wielu kategorii, ponieważ użytkownicy mogą mieć trudności z wyborem właściwej. Znacząca jest też spójność nazewnictwa. Jeżeli już jedna osoba zapisuje datę na początku nazwy, a inna stosuje numer sprawy lub skrót działu, późniejsze wyszukiwanie staje się mniej przewidywalne. Postanowienie wspólnych reguł pozwala ograniczyć takie rozbieżności, niemniej jednak wymaga ich stosowania przez wszystkie osoby pracujące z dokumentacją.
W codziennej organizacji pracy kontrolowanie dokumentami i archiwizacja wiążą się również z kontrolą terminów a także odpowiedzialności za poszczególne materiały. Umowa może wymagać sprawdzenia przed upływem określonego terminu, faktura musi zostać powiązana z najlepszym rozliczeniem, a dokument wewnętrzny może wymagać zatwierdzenia przez kilka osób. O ile te czynności odbywają się bez ustalonego obiegu, łatwo przeoczyć wiadomość lub pozostawić sprawę bez dalszego działania. Elektroniczny system może rejestrować kolejne etapy pracy, wskazywać osobę odpowiedzialną i przechowywać informacje o dokonanych zmianach. Samo uruchomienie takich funkcji nie rozwiązuje jednakże problemów organizacyjnych. Najpierw trzeba ustalić, które dokumenty wymagają akceptacji, kto może ją przeprowadzić i co powinno się zrobić w sytuacji nieobecności osoby decyzyjnej. W przeciwnym razie cyfrowy przepływ może odtwarzać te same opóźnienia, które uprzednio występowały przy dokumentach papierowych. Znaczenie ma także określenie, czy pracownicy mogą własnymi siłami zmieniać przypisane kategorie, usuwać pliki lub przekazywać je poza organizację.
Osobnym zagadnieniem jest przenoszenie istniejącej dokumentacji do archiwum elektronicznego. Proces ten obejmuje nie tylko skanowanie, ale także ocenę jakości plików, sprawdzanie kompletności stron i przypisywanie odpowiednich opisów. W starszych zbiorach mogą występować nieczytelne kopie, brakujące załączniki albo kilka sztuk tego samego dokumentu z różnymi adnotacjami. Nie zawsze można od razu usunąć duplikaty, ponieważ poszczególne wersje mogą posiadać znaczenie dla historii sprawy. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może wspierać szukanie według dat, numerów, nazw albo innych danych opisujących zawartość pliku. W niektórych rozwiązaniach dostępne jest też rozpoznawanie tekstu ze skanów, jednakże skuteczność tej funkcji zależy w głównej mierze od jakości obrazu, kroju pisma i układu strony. Dokumenty z pieczątkami, odręcznymi dopiskami albo słabym kontrastem mogą wymagać ręcznej weryfikacji. Przy większych zbiorach warto więc określić, które materiały będą moderowane z dużą dokładnością i jak zostaną oznaczone pliki, których nie udało się właściwie odczytać.
Na sposób przechowywania dokumentacji wpływają również wymagania dotyczące ochrony informacji, dostępności danych i czasu ich przechowywania. Nie wszystkie pliki powinny być widoczne dla każdego pracownika, dlatego uprawnienia trzeba zaimplementować do zakresu zadań oraz rodzaju dokumentów. Inne zasady mogą dotyczyć ogólnych rozpiski, a inne dokumentacji kadrowej, danych klientów czy informacji finansowych. Trzeboraz ustalić, co dzieje się z plikami po zakończeniu sprawy, zmianie stanowiska przez pracownika albo upływie okresu archiwizacji. W praktyce istotne jest rozróżnienie usunięcia dokumentu roboczego od zniszczenia materiału, który podlega określonym obowiązkom przechowywania. Powinno się uwzględnić odpowiednie przepisy i wewnętrzne procedury, zamiast opierać decyzję tylko na dacie zaprojektowania pliku. Osobnego planu wymagają kopie zapasowe oraz odtwarzanie danych po awarii. Samo przechowywanie dokumentów w postaci elektronicznej nie znaczy, że można je odzyskać w każdej sytuacji. Dlatego zakres zabezpieczeń, częstotliwość budowy kopii i sposób sprawdzania ich poprawności powinny wynikać z rodzaju dokumentacji a także konsekwencji ewentualnej utraty dostępu do informacji.
Zobacz także: kontrola czasu pracy pracownika.